Endnote kan importere referencer fra de fleste databaser og i mange forskellige formater. Først skal referencerne eksporteres fra databaserne. Her efter skal de åbnes af Endnote.
Det er bedst at vælge formaterne RIS eller EndNote.
Foretage din søgning i PubMed.
Klik på "Send to", og vælg "Citation manager".
Under selection kan du vælge om du vil gemme alle referencer på siden, eller kun dem du har markeret.
Vælg "Create File" og gem referencerne. Referencerne bliver gemt i nbib formatet.
Åben filen og importer referencerne i Endnote.
Her efter kan nbib filen slettes.
Foretage din søgning i en OvidSP database: Agricola, Embase, International Pharmaceutical Abstracts, Medline m.m.
Klik på "Export"
Vælg format, enten "Endnote" eller "RIS", RIS er lettest at åbne i Endnote.
Under "Fields" vælg hvor mange oplysninger om referencen du vil eksportere.
Klik på Export og gem referencerne
Referencerne bliver gemt i cgi eller RIS formatet, og skal nu åbnes i Endnote.
RIS filer kan åbnes direkte.
CGI filer skal forbindes med Endnote første gang du benytter filformatet.
Foretag din søgning i bibliotekssystemet: https://soeg.kb.dk
Klik på en titel eller 
Vælg RIS (Endnote, Mendeley)
Du skal ikke ændre eller vælge tegnsæt.
Klik på "Download"
Referencerne bliver gemt i RIS formatet.
Åben filen og importer referencen i Endnote.
Tjek felterne "Edition" og "Place published" i importerede bog referencer.
I Endnote, i menuen klik på "File"
Vælg "Import", og klik på "Folder.
Find den folder du vil importere, og importer PDF filerne.
Ikke alle PDF filer bliver importeret korrekt, og det kan være nødvendigt at importere dem fra en database i stedet.
Det er ikke muligt at downloade alle referencer fra databaser, og nogle skal tilføjes manuelt.
Det gælder blandt andet hjemmesider.
I Endnote klik på "References" i menuen, og vælg "New reference"
Vælg "Reference type", så den matcher den type materiale du vil referere til
Det er ikke alle reference standarder der har defineret alle materialetyper.
De primære typer er: Journal article, Book, Book section (kapitel) og Web Page.
Udfyld de relevante felter.
Eksempel på en hjemmeside
Bemærk de tre datofelter. De benyttes forskelligt af forskellige referencestandarder, så det er bedst at udfylde alle 3.
Datoformateringen kan varierer alt efter hvilken reference standard du benytter.
Hvis en reference mangler forfatter, udgiver, udgivelsessted eller år, så kan du udfylde feltet med :
Afslut med at gemme referencen. I menuen klik på "File" vælg "Save".